Program Studi Pendidikan Agama Islam di Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan berawal dari pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Al-Khairat Pamekasan pada tahun 1989 oleh Yayasan Al-Khairat, yang kemudian disahkan melalui keputusan Kementerian Agama Republik Indonesia pada tahun 1992. Lembaga tersebut selanjutnya berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Khairat Pamekasan pada tahun 1997 dan berkembang menjadi Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan pada tahun 2017.

Program studi ini memiliki visi menjadi program studi unggul dalam pengembangan Pendidikan Agama Islam berbasis integrasi ilmu, amal, dan akhlakul karimah serta berkontribusi bagi peradaban Islam di Asia Tenggara pada tahun 2035. Program ini merupakan program sarjana selama empat tahun yang menghasilkan lulusan bergelar S.Pd. dengan kompetensi pedagogik, profesional, sosial, dan kepribadian untuk menjadi pendidik di berbagai jenjang pendidikan, serta berpeluang berkarier sebagai peneliti atau pengembang media pembelajaran.

Sebagai pengakuan mutu, program studi ini telah memperoleh akreditasi “Baik Sekali” dari Lembaga Akreditasi Mandiri Kependidikan pada tahun 2024 yang berlaku hingga 2029. Pencapaian ini menunjukkan komitmen program studi dalam menjaga kualitas pendidikan dan pengembangan tridharma perguruan tinggi secara berkelanjutan.