Berangkat dari tuntutan umat yang makin meningkat terus dan dihadapkan pada kenyataan kurang memadainya perangkat infrastruktur pada beberapa pesantren maka tergeraklah para pimpinan pesantren dan alim ulama untuk merumuskan masalah-masalah guna dicarikan jalan pemecahannya. Dari berbagai pertemuan yang dilangsungkan dari pondok ke pondok, maka disepakati berdirinya Yayasan Al-Khairat sebagai wadah resmi melakukan pengabdian bersama.
Yayasan Al-Khairat untuk pertama kalinya berkantor di Pondok Pesantren Banyuanyar, Palengaan, Pamekasan, dengan akta Notaris pada tanggal 21 Mei 1985. Yayasan ini menjadi wadah atau konfederasi pesantren Pamekasan dan sekitarnya antara lain: Pondok Pesantren Bata-Bata, Pondok Pesantren Banyuanyar, Pondok Pesantren Beringin, Pondok Pesantren Air Baru, Pondok Pesantren Gunungsari, Pondok Pesantren Nyalaran, dan beberapa pondok pesantren lain di Pamekasan.
Pondok pesantren tersebut memiliki beberapa lembaga pendidikan keagamaan yang berada dibawa naungan Yayasan Al-Khairat Pamekasan. Lembaga yang dimaksud berupa lembaga pendidikan formal dan non formal.
Pada Tahun 1989 sesuai dengan SK Yayasan No. 17/A.1/YAK/1/89 Tertanggal 02 Januari 1989 disepakati untuk pendirian Perguruan Tinggi dilingkungan Yayasan Al-Khairat, dengan lahirnya keputusan ini maka terbentuklah Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) dengan SK Menteri Agama RI Nomor Nomor 38 Tahun 1992.
Tahun 1997 Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Al Khairat Pamekasan berubah nama dari Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Khairat Pamekasan dengan keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor E/69/97 tentang perubahan nama Sekolah Tinggi ilmu Tarbiyah (STIT) Al-Khairat Pamekasan Jurusan Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah) menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Khairat Pamekasan.
Kemudian pada tahun 2008 Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Khairat Pamekasan telah melakukan Akreditasi dengan peringkat nilai B sesuai dengan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 018/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008.
STAI Al-Khairat yang selalu berusaha mengembangkan terpenuhinya program studi/jurusan sesuai dengan harapan masyarat, maka dengan izin Allah SWT. STAI Al-Khairat mendapatkan ijin oprasional Program Studi Baru, yaitu Prodi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dengan SK Dirjenpendais No. 447 Tahun 2013 tentang izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (S1) Pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta Tahun 2012, tanggal 28 Pebruari 2013, Prodi Ekonomi Syariah (ES) dengan SK Dirjenpendais No. 3656 Tahun 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (51) Pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta Tahun 2014, tanggal 01 Juli 2014, Prodi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IQT) dengan SK Dirjenpendais No 361 Tahun 2015 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta Tahun 2015, tanggal 20 Januari 2015, Prodi Bahasa dan Sastra Arab dengan SK Dirjenpendais
No. 361 Tahun 2015 Tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Program Sarjana Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta Tahun 2015, tanggal 20 Januari 2015.
Pada tanggal 23 Oktober 2015 STAI Al-Khairat Pamekasan mendapatkan 3 Ijin Operasional baru yaitu, Prodi Perbankan Syariah (PSY), Hukum Ekonomi Syariah (HES), dan Pendidikan Bahasa Arab (PBA) dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6063 tahun 2015 tentang Izin Penyelenggaraan Pendidikan Program Studi Sarjana Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta Tahun 2015
Kemudian pada tanggal 17 September 2013 STAI Al-Khairat Pamekasan telah melakukan perpanjangan akreditasi dengan peringkat nilai B sesuai dengan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor 240/SK/BAN-PT/Ak-XI/S1/XI/2013
Pada tanggal 23 Maret 2017 STAI Al-Khairat Pamekasan mendapatkan 2 Ijin Operasional baru yaitu, Prodi Bimbingan dan Konseling Islam (BKI) tercantum dalam Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 1802 Tahun 2017 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi pada Program Sarjana Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta Tahun 2017 dan Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) tercantum dalam Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 1802 Tahun 2017 tentang Izin Penyelenggaraan Program studi pada Program Sarjana Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta Tahun 2017.
Tahun 2017 Sekolah Agama Islam Al-Khairat (STAI) Al-Khairat Pamekasan berubah bentuk dari Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) AI-Khairat Pamekasan Menjadi Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan dengan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6016 Tahun 2017 tanggal 13 Oktober 2017 tentang Izin Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Khairat Pamekasan Jawa Timur Menjadi Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan Jawa Timur.
Oleh karena minimnya minat mayarakat terhadap program studi Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Program Studi Bahasa dan Sastra
Arab sehingga kedua program studi ini menjadi tidak aktif, maka pada tanggal 22 Mei 2021 diajukanlah permohonan pencabutan program studi tidak aktif kepada Menteri Agama RI. Atas adanya permohoanan tersebut kemudian diterbitkan Keputusan menteri Agama Republik Indonesia Nomor 741 Tahun 2021 Tentang Penutupan Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (Mu’amalah) Untuk Program Sarjana Pada Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan dan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 742 Tahun 2021 Tentang Penutupan Program Studi Bahasa dan Sastra Arab Untuk Program Sarjana Pada Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan. Sehingga sejak diterbitkannya kedua Surat Keputusan tersebut maka IAI Al-Khairat Pamekasan tidak lagi mengelola Program Studi Hukum Ekonomi Syariah dan Bahasa dan Sastra Arab.
Kemudian pada tahun 2022 IAI Al-Khairat Pamekasan diberi kepercayaan untuk menyelenggarakan Program Magister (52) Pendidikan Agama Islam dengan terbitnya Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor: 1249 Tahun 2022 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam Untuk Program Magister di Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan. Maka dibentuklah Unit Penyelenggara Program Studi (UPPS) Pascasarjana yang berwenang mengelola Program Magister (Strata 2), sehingga mulai tahun akademik 2023/2024 IAI Al-Khairat memiliki 4 UPPS yaitu:
1. Fakulatas Tarbiyah yang mengelola program studi:
- Manajemen Pendidkan Islam, Program Sarjana,
- Pendidikan Bahasa Arab, Program Sarjana,
- Pendidikan Agama Islam, Program Sarjana,
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, Program Sarjana,
- Bimbingan dan Konseling Pendidikan Islam, Program Sarjana,
2. Fakultas Ekonomi & Bisnis Islam yang mengelola program studi
- Ekonomi Syariah, Program Sarjana,
- Perbankan Syariah, Program Sarjana,
3 Fakultas Ushuluddin dan Studi Agama yang mengelola program studi
- Al-Qur’an dan Tafsir, Program Sarjana,
4. Pascasarjana yang mengelola program studi
- Pendidikan Agama Islam, Program Magister (52)
